2015年6月18日，《自然》杂志发布2015年全球自然指数（2015 Nature Index）。此次发布的2015全球自然指数涵盖了2014年1月1日至12月31日发表在68种世界一流科研期刊上的57501篇论文。其中，中国科学院仍然是自然指数中位列全球第一的科研机构。
消息一出，不少人对此产生质疑。因为根据“自然”网站公布的2013年的自然出版指数（NPI）显示，中国科学院位列全球第六，相关计数值（CC，corrected count）不到哈佛大学的一半。仅仅一年，中科院就远远超越了哈佛大学，稳居世界第一，这的确让人有点匪夷所思。
对此，观察者网进行了查询，原来在2014年，《自然》杂志对这一指数进行了修正。《自然》杂志将统计指数名称从NPI（nature publishing index，自然出版指数）改成了NI（nature index，自然指数）。统计的收录论文的期刊也从18本扩展到了68本。
2014年12月，《自然》杂志首次以全新的“加权分值计数法”（WFC，weighted fractional count）指数方式发布2014全球自然指数（Nature Index），对2013年的相关数据重新进行统计。结果，在全球前200名科研机构中，中国科学院自然指数排名第一。
由于，中科院在《自然》杂志上发表的文章较少，但在其他杂志上发表了不少论文。因此在NPI排名中的位次较低。在对指数进行修正以后，中科院的排名大大提升。
根据“加权分值计数法”，若每篇科学论文的作者数为N，则将每一位作者对该篇论文的贡献记作“1/N”分，而不是都记为“1”分，同时考虑了不同学科之间的权衡问题，将学科优势和研究成果纳入分析中，因此更能反映一个作者、机构和国家对世界科学的贡献率。
根据加权分数式计量，中国位列第二，仅次于美国。中国的 WFT 从 2013 年到 2014 年增长了 16%。自然指数显示，中国最主要的论文合作国家是美国、英国和德国。本地区位居前五的机构中，中科院的论文合作比例最低，北京大学最高。
英国著名杂志《自然》是世界上最早的国际性科技期刊，也是国际最权威的科学杂志之一，自1869年创刊以来，《自然》杂志每年都会以前一年所发表的论文为基础，衡量不同国家和研究机构的科研实力，并对往年的数据进行比较。
“自然出版指数”（NPI）是根据各科研机构与高校在《自然》和其他17本自然系列研究期刊上出版的文章数计算，常被作为衡量高质量的基础性研究的标志性指标。该指数每月更新一次，记录过去12个月内发表的文章数据。
NPI依据的18本期刊如下：
Nature
Nature Biotechnology
Nature Cell Biology
Nature Chemistry
Nature Chemical Biology
Nature Climate Change
Nature Communications
Nature Genetics
Nature Geoscience
Nature Immunology
Nature Medicine
Nature Materials
Nature Methods
Nature Neuroscience
Nature Nanotechnology
Nature Photonics
Nature Physics
Nature Structural & Molecular Biology
而“自然指数”（NI）是衡量国家与科研单位（大学）科研水平的新的指标，“自然指数”的依据是包括《自然》、《细胞》、《科学》在内的68家期刊。68家期刊，是因为Nature集团基于学界的评价，把它们看成是科学界各学科最好的学术期刊，有人甚至认为，没有在这些期刊经常发表文章，就等于远离前沿，而且对你单位的学术影响力（“自然指数”）亦就没有贡献。
NI依据的68本期刊如下：
Advanced Materials
American Journal of Human Genetics
Analytical Chemistry
Angewandte Chemie International Edition
Applied Physics Letters
Astronomy & Astrophysics
Cancer Cell
Cell（《细胞》）
Cell Host & Microbe
Cell Metabolism
Cell Stem Cell
Chemical Communications
Chemical Science
Current Biology
Developmental Cell
Earth and Planetary Science Letters
Ecology
Ecology Letters
European Physical Journal C
Genes & Development
Genome Research
Geology
Immunity
Inorganic Chemistry
Journal of Biological Chemistry
Journal of Cell Biology
Journal of Clinical Investigation
Journal of Geophysical Research: Atmospheres
Journal of Geophysical Research: Oceans
Journal of Geophysical Research: Solid Earth
Journal of High Energy Physics
Journal of Neuroscience
Journal of the American Chemical Society
Molecular Cell
Monthly Notices of the Royal Astronomical Society
Nano Letters
Nature （《自然》）
Nature Biotechnology
Nature Cell Biology
Nature Chemical Biology
Nature Chemistry
Nature Communications
Nature Genetics
Nature Geoscience
Nature Immunology
Nature Materials
Nature Medicine
Nature Methods
Nature Nanotechnology
Nature Neuroscience
Nature Photonics
Nature Physics
Nature Structural & Molecular Biology
Neuron
Organic Letters
PLOS Biology
Physical Review A
Physical Review B
Physical Review D
Physical Review Letters
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
Proceedings of the Royal Society B
Science （《科学》）
The Astrophysical Journal
The Astrophysical Journal Letters
The Astrophysical Journal Supplement
The EMBO Journal
The Journal of Physical Chemistry Letters